Nach der Gründung des Benediktinerklosters Prüfening im Jahre 1109 erfolgte eine planmäßige Christianisierung und Kultivierung der Gegend durch die Benediktinermönche im Auftrag des Bischofs Otto von Bamberg, des Heiligen. Dieser weihte am 22. Juli 1125 die erste Kirche in Hemau. Sie stand an der gleichen Stelle, an der die jetzige Stadtpfarrkirche auch steht. 1138 wird Hemau noch als zur Pfarrei Hohenschambach gehörig bezeichnet. Doch in einer auf ca. 1140 bis 46 datierten Traditionsnotiz des Klosters Prüfening ist bereits ein eigener Pfarrer in Hemau erwähnt: „Chovnradusparochianus de Hembure“, d.h. um diese Zeit herum muss Hemau selbstständige Pfarrei geworden sein und sich von der Mutterpfarrei Hohenschambach abgelöst haben.
1249 erfolgte dann die Inkorporation (Einverleibung) Hemaus zum Kloster Prüfening. In Painten (Pewnten) ist 1438 ein Benefiziat belegt; dieser Ort galt daher seit mindestens dieser Zeit als Filiale von Hemau. Ab 1508 gehörte Neukirchen (Newkirchen) zur Pfarrei Hemau. Aichkirchen (Aykirchen), 1665 als Filiale von Painten vermerkt, wurde spätestens 1723/24 Hemauer Filialkirche.
Von 1542 bis 1618 gehörte ganz Hemau dem evangelischen Glauben an. Es war dem Herzogtum Pfalz-Neuburg angegliedert, dessen Fürst Ottheinrich im Jahre 1542 der lutherischen Lehre beitrat. Die Landesherren durften die Konfession ihres Territoriums frei bestimmen nach dem Grundsatz „cuiusregio“, eiusreligio“ = „wessen Region, dessen Religion“. Den Untertanen wurde kein Religionsbestimmungsrecht zugestanden. Knapp 80 Jahre später führte Herzog Wolfgang Wilhelm den katholischen Glauben wieder ein. In die Zeit, in der Hemau evangelisch war, fällt auch die Errichtung der Friedhofskirche zur Abhaltung von Trauergottesdiensten(1605-1607).
Von ca. 1620 bis 1803 stand Hemau als Propstei unter Verwaltung des Klosters Prüfening. Am 24. Februar 1803 ermächtigte der Reichsdeputationshauptschluss die Fürsten, sämtliche in ihren Gebieten gelegenen Klöster zu säkularisieren. Diesen Beschluss gab man am 21. März 1803 auch in der Propstei in Hemau bekannt. In der Folge wurde der Benediktinerorden aufgehoben und sämtliche zum Kloster Prüfening gehörige Besitztümer verkauft. Die Ordensgeistlichen zerstreuten sich in alle Richtungen. Das Propsteigebäude baute man 1813 zum Pflegamt und 1847 zum Landgerichtsgebäude um. Später waren das Amtsgericht und die Standortverwaltung darin untergebracht. Seit 1993 dient es als Rathaus. Die altehrwürdige Barbarakapelle (früher zwischen dem jetzigen Jugendheim und dem Pfarrhof gelegen) funktionierte man nach der Säkularisation zu einem Schulhaus um, sie ist nunmehr ganz verschwunden.
Am 24. April 1719 hatte Abt Otto von Prüfening den Grundstein zur jetzigen Stadtpfarrkirche gelegt. Die feierliche Konsekration durch den Regensburger Weihbischof Gottfried Langwert von Simmern zu Ehren ihres Patrons, des heiligen Johannes des Täufers, fand am 17. Juli 1721 statt. Das zentrale Deckenbild im Chor zeigt die Taufe Jesu im Jordan durch Johannes. Die Enthauptung des Hl. Johannes ist in den Deckenfresken im Langhaus dargestellt. Mit der Aufhebung der Propstei des Benediktinerklosters Prüfening in Hemau ging 1806 eine Neuorganisation der zugehörigen Seelsorgstellen einher: Aichkirchen wurde Pfarrkuratie. Hamberg 1807 von Hemau nach Hohenschambach, Kollersried 1843 von Hohenschambach nach Hemau umgepfarrt. Schließlich gliederte man im Dezember 2003 Hamberg wieder in die Pfarrei Hemau zurück. Im Chorraum befinden sich vier bemalte, sehr wertvolle, gotische Holzreliefs aus dem frühen 16. Jahrhundert, die Johannes dem Täufer und dem Evangelisten Johannes (übrigens Nebenpatron der Pfarrkirche) gewidmet sind.
In der Pfarrei St. Johannes leben heute ca. 3.700 Katholiken. Sie ist in den letzten Jahren durch Neubaugebiete stark angewachsen. Zur Pfarrei Hemau gehören die Ortschaften Altenlohe, Arnest, Bodenhof, Flinksberg, Haid, Hamberg, Hennhüll, Höfen, Höhof, Kemetshof, Klingen, Kollersried, Langenkreith, Pöpplhof, Sündersbühl, Stadla, Thalhof, Unterreiselberg, Voglhof und Winkl.